La introducción de combustibles más limpios en sustitución de otras más contaminantes, permite reducir las emisiones a la atmósfera de gases contaminantes sin incurrir en grandes modificaciones o alteraciones de los procesos productivos. El desarrollo y la implantación de los sistemas de combustión de combustibles más limpios dirigidos a un aprovechamiento energético permiten responder a las exigencias ambientales del país.

A pesar de la existencia de recursos energéticos autóctonos, la dependencia de combustibles fósiles importados en el Perú es grande y se debe primordialmente a la estructura del mercado, y las regulaciones existentes que favorecen el uso de combustibles fósiles altamente contaminantes.

FONAM ayuda como catalizador de la sustitución de combustibles mediante el trabajo con los sectores productivos, agencias gubernamentales, consumidores y público en general.

Los proyectos que se enmarcan en esta área pueden ser por ejemplo el de sustitución de Diesel o petróleo residual por gas natural, o por biomasa.