El área de Energía de FONAM tiene la misión de identificar y promover proyectos orientados al aprovechamiento de fuentes renovables de energía, la introducción de tecnologías limpias, el uso eficiente de la energía y la sustitución de combustibles altamente contaminantes, incentivando así el autoabastecimiento energético y la protección del medio ambiente.

Asimismo, busca mejorar la calidad de vida de la población y contribuir al alivio de la pobreza del país a través de promover planes y programas coordinados con diferentes entidades públicas y privadas vinculadas al desarrollo de estos temas y a la creación de una mayor conciencia ambiental en torno al uso y al aprovechamiento de fuentes de energía menos contaminantes.

Las actividades del Área de Energía están orientadas a:

• Desarrollar el componente de carbono en proyectos energéticos que mitiguen las emisiones de gases de efecto invernadero.
• Participar en el desarrollo del marco legal nacional que garantice la libre promoción, comercialización y uso de energías limpias
• Promover proyectos de uso racional de la energía y sustitución de fuentes energéticas, que supongan una mejora energética y/o medioambiental significativa en la industria y en los servicios básicos de abastecimiento.
• Promover el desarrollo de proyectos en Energías renovables
• Apoyar la búsqueda de financiamiento para los proyectos previamente calificados
• Llevar a cabo actividades de monitoreo y evaluación de los proyectos aprobados

- Dos proyectos hidroeléctricos peruanos han sido registrados ante la Junta Ejecutiva del MDL
En el país los proyectos hidroeléctricos Poechos y Santa Rosa han concretado su registro ante la Junta Ejecutiva del Mecanismo de Desarrollo Limpio (MDL) de la Convención de Naciones Unidas para el Cambio Climático (UNFCCC), y han firmado acuerdo de venta de reducciones de emisiones (ERPAs) con el Negocio de Carbono del Banco Mundial.

• El primer proyecto peruano, la Central Hidroeléctrica de pequeña escala "Santa Rosa", se registró el 23 de Octubre del 2005.
• El proyecto "Central Hidroeléctrica Poechos" fue registrado el 14 de Noviembre del 2005.